排便是一种大脑皮层随意控制作用形成的，可以应变环境，养成良好的排但习惯，如果长期任意延缓排便，将使直肠对粪便压力刺激失去正常的敏感性，使粪便久存积于直肠而不发生排便反射，从而形成习惯性便秘。
引起习惯性便秘的原因是多方面的，主要还有以下几种：
肠道受到的刺激不够：饮食过少或食物中纤维素和水分不足，肠道受到的刺激量不足，无法引起结肠、直肠的反射性蠕动，结果食物残渣在肠内停留过久，水分被充分吸收，大便干燥，排出困难。西方流行的精神饮食多含有高营养物质，但缺乏纤维素，一次食用量很少，所以容易因肠道受到的刺激不足或发生便秘。
排便动力缺乏：手术损伤了肛门部肌肉，年老体弱，久病或产后，致使膈肌、腹肌、提肛肌收缩力减弱，使排便动力缺乏，粪便不易排出，发生便秘。
肠壁的应激性减弱：腹泻之后，肠壁内神经感受细胞为对抗腹泻，保持正常生理，常可应激性降低排粪活动引起便秘。长期使用刺激性泻要也可减弱肠壁的应激性，导致便秘加重。
心理因素：情绪紧张，忧愁焦虑，注意力高度集中于某一工作，或精神上受到惊恐等强烈刺激，导致皮层和植物神经紊乱，引起便意消失;肛裂、肛门直肠周围脓肿、痔等患者因恐大便疼痛、出血、脱出，常控制排便，延长排便间隔时间;抑郁性精神病和癔病，结肠过敏等，均可引起习惯性便秘。这些心理因素，是形成便秘的主要原因。
胃肠道运动缓慢：缺乏B族维生素，甲状腺功能减退，内分泌失调，营养缺乏等，可影响整个胃肠蠕动，使食物通过缓慢，形成便秘。
肠道运动亢进：促进肠蠕动亢进的副交感神经异常兴奋时，可导致肠运动异常，出现痉挛性收缩，可引起便秘或腹泻交替进行，排出被痉挛的结肠切割成的如羊粪样硬
铅、砷、汞、磷等中毒：服用碳酸钙、氢氧化铝、阿托品、普鲁本辛、鸦片等要物，直接或间接影响肠蠕动导致便秘。
水电解质平衡失调：失血、发热、呕吐、下痢等引起脱水，机体代偿性的吸收粪便中的水分引起便秘。
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